O Departamento de Gestão Estratégica tem a finalidade de dar subsídios às políticas públicas e orientar as tomadas de decisão voltadas à pesquisa, desenvolvimento e inovação do agronegócio com enfoque multidisciplinar, visando promover as relações entre as unidades da Agência Paulista de Tecnologia dos Agronegócios (APTA) na geração e transferência de conhecimento e tecnologia.